村镇污水主要由生活污水和农业废水组成。生活污水成分比较固定，主要含有碳水化合物、蛋白质、氨基酸、脂肪等有机物，比较适合于细菌的生长，成为细菌、病毒生存繁殖的场所；但生活污水一般不含有毒性，且具有一定的肥效，可用来灌溉农田。农业废水的成分则多种多样，不同的季节，不同的地方，不同发展目标的村镇，其废水需要用不同的处理方法。在处理污水时，为减小污水排放量及其复杂程度，应结合国家正在大力推广的沼气池建设，将生活用水中的冲厕用水(黑水)和其他生活用水(灰水)分开。灰水用自然净化系统处理，黑水以及人畜粪便经厌氧沼气池处理，不但可以降低污水的排放量、复杂程度和处理费用，而且对发展农村清洁新能源，保护人居环境、促进农村经济社会的可持续发展等具有重要的意义。
污水处理站的作用是对生产、生活污水进行处理，达到规定的排放标准，是保护环境的重要设施。工业发达国家的污水处理站已经很普遍，而我国村镇的污水处理站很少，但今后会逐渐多起来。要使这些污水处理站真正发挥作用，还需要靠严格的排放制度、组织和管理体制来保证。
现阶段，国内医院对污水处理的主要有两种方法：，利用消毒剂进行消毒之后将其排入市政下水道。第二，对污水采取生化处理并在消毒之后向自然水体中排放。
这两种污水处理方式的主要特点表现在：首先，病原微生物浓度较高，医疗单位对污水的消毒达不到合格标准。尤其大多医院在规模缩小、等级降低之后，其消毒方法、污水处理设备以及自我检测方面的完善程度也呈现递减趋势。其次，消毒过程中主要以氯为主。
国内大多地区目标所采用的一般为一级或二级处理加氯消毒、次氯酸钠消毒剂或者利用液氯、二氧化氯进行消毒。第三，消毒剂投加量过量或不足的情况比较常见。一部分医院为保证杀菌比较彻底，使用过量的消毒剂，也有部分医院为节约成本，投加量明显不足，达不到良好的消毒效果。
传统加氯消毒工艺局限性分析
医院中常用的污水消毒方法主要有化学法与物理法，其中化学法中加氯消毒方法应用较为广泛，如液氯、二氧化氯、漂白粉、次氯酸钠等消毒剂。医院中采用加氯消毒工艺的原因在于其操作简便，对细菌等病原体的杀灭能起到较好的效果，但存在的局限性也不容忽视。
灭杀病毒的效果较差
通过传统加氯消毒工艺应用于医院污水消毒过程中分析，采用此工艺对许多如大肠菌群、沙门氏菌等菌群的去除率极高，而对病毒取出所达到的数量级极少。尤其对肠道病毒进行灭杀时，由于其忍受力更强于肠道致病菌或大肠菌群，在通过次氯酸钠进行处理之后，仍可在排放的污水中检测出一定数量的病毒。因此，肠道致病菌或大肠菌群阴性无法确定病毒致病危险是否存在。
消毒副产物对生态安全的影响
如前文所提，一部分医院往往为保证实现良好的消毒效果，会投加过量的消毒剂，当余氯过高时便会使卤代烃含量逐渐增加，使其发生突变，威胁人体健康与生态环境，如消毒过程中使用过量的次氯酸钠可能生成AOX，对水源以及水生生物体会产生持久、潜在的毒性影响。
受污水水质的影响较大
污水中包含许多有机、无机污染物，对其进行消毒处理时，需使用大量的消毒剂，并且病原微生物与消毒剂的接触以及消毒剂实际的消毒效果都会受到一定的影响。另外，对污水系统处理是否稳定也使影响消毒效果的重要因素之一。
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